கூடலூர், லோயர்கேம்ப், கம்பம் முதல் தேனி வரை முல்லைப்பெரியாற்றில் பல்வேறு இடங்களில் ஆக்கிரமிப்புகள் உள்ளன. சிலர் ஆற்றின் கரை பகுதியை ஆக்கிரமிப்பு செய்து விவசாயம் செய்து வருகின்றனர். இதனால் ஆறு சுருங்கி, தண்ணீர் சீராக செல்வதில் சிக்கல் ஏற்பட்டுள்ளது. எனவே ஆற்றில் உள்ள ஆக்கிரமிப்புகளை அகற்ற வேண்டும்.